土壤是蔬菜的根系环境,也是多种病原菌的越冬场所。在正常情况下,土壤中的病原菌和大量的有益微生物保持一定的平衡。棚室栽培的蔬菜种类比较单一,栽培面积有限,轮作倒茬困难,连作不可避免。由于蔬菜根系分泌物和病根残体在土壤中逐渐积累,使土壤微生物逐渐失去平衡,病原菌数量不断增加,诱使病害发生。棚室土壤比露地土壤受光照少,温度和湿度较高,病原菌增殖迅速,生产中又缺乏抗病品种,土传病害随连作年限增加而加重,如新建棚室发生瓜类枯萎病后若不及时采取有效防治措施,一般从零星病株到普遍发病只需4~5年时间。在大型连作温室中,果菜类根结线虫病只需3~4年,病株率就可达100%,减产50%以上,严重威胁多种蔬菜生产。
多种病原菌随病残体在土壤中越冬,成为翌年的初浸染源,是蔬菜病害发生流行的重要环节。露地环境条件下病菌死亡率高,在蔬菜生长季节才能浸染,发病迟,危害轻,有的病害只在局部地区季节性流行。但在棚室栽培条件下,病菌既可安全越冬,又能周年发生,已成为发展棚室蔬菜生产的大敌。如瓜类蔬菜炭疽病、细菌性角斑病、蔓枯病,黄瓜、辣椒、韭菜疫病,番茄早疫病、叶霉病,豇豆和菜豆锈病,芹菜斑枯病,多种蔬菜菌核病、草莓灰霉病、草莓白粉病等。此外,引起菜苗猝倒病、立枯病的病菌,既能在土壤中越冬,又能营腐生生活,故常在老育苗地的苗床上严重发生,甚至毁苗,延误农时。
地下害虫如蝼蛄、地老虎等,也因棚室和苗床土壤温暖、潮湿、疏松肥沃而发生早、数量多、危害重。
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